Si è spesso affermato che il sistema scolastico della BiH (ma vale anche per le altre repubbliche) ai tempi della ex-Jugoslavia fosse particolarmente complesso. L’educazione obbligatoria durava otto anni durante i quali gli scolari dai sette ai quindici anni frequentavano le scuole "elementari". Le materie insegnate erano le stesse per tutte e sei le Repubbliche con le eccezioni di Slovenia, Macedonia e Kossovo dove era riconosciuta la lingua slovena, macedone ed albanese nonostante restasse obbligatorio anche l’apprendimento del serbo-croato. Gli scolari e studenti della Bosnia-Erzegovina alternavano poi gli alfabeti utilizzati: una settimana si scriveva con caratteri latini, la successiva con quelli cirillici.
Se i programmi di alcune materie, come fisica, matematica e biologia, erano identici, in altre, come ad esempio letteratura, pur studiando poeti e narratori dell’intera Jugoslavia, si dava a volte "precedenza" a quelli locali. Alla scuola dell’obbligo seguiva la scuola superiore, frequentata dai ragazzi tra i quattordici ed i diciotto anni. Il tasso di frequenza all’istruzione superiore era nella ex-Jugoslavia particolarmente alto. Le scuole superiori si diversificavano in diversi indirizzi, si andava dagli studi classici a programmi più specializzati ad esempio nei rami dell’economia e commercio, della medicina, in campo tecnico, industriale ecc.

Al termine delle superiori ci si poteva iscrivere all’Università. Aperta a tutti durava in media quattro anni con l’eccezione della Facoltà di medicina della durata di cinque anni. Non si pagava normalmente tassa di iscrizione, e se ve ne era una era spesso limitata al costo effettivo del solo libretto universitario. Erano presenti borse di studio che garantivano una copertura totale delle spese per gli studenti con i migliori risultati mentre gli altri potevano richiedere un mutuo studentesco a fondo perduto per l’80% del suo valore. (molti, in seguito al crollo dell’ex-Jugoslavia, non dovettero restituire neppure il restante 20%). Inoltre tutti gli scolari e studenti (dalle elementari fino all’Università) erano coperti da assicurazioni garantite dalle ditte dove lavoravano i genitori.

I centri universitari in Bosnia-Erzegovina erano quattro: Sarajevo, Banja Luka, Mostar e Tuzla. Vi si trovavano quasi tutte le facoltà. Da giurisprudenza a ingegneria, da economia a lettere. Questi quattro centri universitari non erano frequentati esclusivamente da studenti jugoslavi ma anche da molti studenti stranieri provenienti da paesi del cosiddetto terzo-mondo.

Con la morte dell’ex-Jugoslavia crollava anche questo sistema scolastico comune e moriva l’insegnamento comune di alcune materie. In Serbia non si imparavano più poesie di poeti bosniaci, in Croazia si dimenticavano quelle di poeti serbi, in Slovenia si ricordavano solo quelli sloveni. La geografia subì ampie modifiche non solo per quanto riguarda i nuovi confini che dividono ora l’ex-Jugoslavia. La stessa sorte subì la storia.
Tutto ciò che veniva memorizzato negli anni precedenti doveva essere dimenticato. Il comunismo dopo essere stato lodato ed incensato per quasi cinquant’anni veniva improvvisamente considerato una dittatura.
Si cominciò con una profonda riscrittura della storia dei Balcani ed i programmi scolastici vennero rivoluzionati. L’insegnamento della religione, prima degli anni ’90 limitato agli istituti ecclesiastici, venne introdotto a scuola. Nelle zone croate della Bosnia-Erzegovina l’alternanza tre alfabeto latino e cirillico venne soppressa, a favore del primo, ed in Republika Srpska, nei primi anni del dopoguerra, avvenne lo stesso a favore però dei caratteri cirillici.

E questi sono solo alcuni dei forti cambiamenti subiti dalla scuola bosniaca dopo i lunghi anni di guerra. Altro problema cruciale fu ad esempio quello dell’inserimento scolastico dei profughi. Per i ragazzi bosniaci rifugiati in Croazia nel 1992 vennero organizzate lezioni nei campi profughi stessi. In altri casi dovettero integrarsi nelle strutture scolastiche già esistenti in zona.

Il sistema scolastico attuale riflette pienamente i paradossi della Bosnia-Erzegovina disegnata con gli Accordi di Dayton . Esistono tre sistemi diversi: uno per la Republika Srpska, uno per la cosiddetta Herzeg Bosna a maggioranza croata ed un terzo per la zona musulmana della Bosnia-Erzegovina.
Dove più forti sono i processi di rientro delle minoranze che intaccano le "omogeneità etniche" in cui di fatto è suddivisa la Bosnia-Erzegovina si sta lentamente cercando di fare una scuola che possa essere "per tutti" anche se prevalenti sono le scuole separate a seconda della comunità di provenienza.
Vi sono alcuni progetti che cercano di andare in controtendenza. Il primo è stato iniziato a Brcko dove ragazzi bosniaci e serbi condividono gli stessi banchi e le stesse aule. A Travnik invece ragazzi bosniaci e croati frequentano lo stesso istituto, pur rimanendo in classi distinte e seguendo programmi differenti.
L’introduzione in Bosnia-Erzegovina di un sistema scolastico unico è ancora lontano. La Commissione Europea ha promosso un programma in questa direzione ma dal quale ci si aspettano risultati solo sul lungo periodo.
I libri di testo utilizzati a scuola, pubblicati per la maggior parte negli anni immediatamente successivi alla firma degli Accordi di Dayton, rimangono parziali e basati su una lettura dei fatti, da parte di ciascuna comunità, ancora in chiave nazionalista. Nonostante questo si è iniziato un processo di revisione degli stessi. E’ quello che è avvenuto a Sarajevo dove, in questi ultimi anni, alcuni testi hanno subito delle correzioni. Si sono attutiti i toni rispetto alle altre comunità costituenti la Bosnia Erzegovina. Un esempio su tutti la descrizione della vicenda della distruzione del bellissimo ponte sulla Drina, a Mostar. Se nei libri precedenti questo fatto veniva descritto in modo molto duro additandone la responsabilità in particolare all’HVO croata nei libri attuali si afferma che "…il ponte vecchio fu distrutto nei conflitti tra Armija e HVO.." presentando l’episodio in modo molto più neutro.
Contemporaneamente vi è anche uno sforzo dell’Istituto Pedagogico della BiH di creare un clima di rispetto per tutte e tre le principali culture caratterizzanti il Paese e sempre più spesso nei libri di letteratura trovano posto i poeti e narratori provenienti da tutte e tre le comunità. Questi sforzi hanno in ogni modo suscitato scalpore venendo presentati, secondo una parte dell’opinione pubblica bosniaca-musulmana, anche autori serbi e croati considerati troppo nazionalisti. C’è chi pensa ancor’oggi ad esempio che il "Ponte sulla Drina" di Ivo Andric sia un libro contro la comunità musulmana. Lo stesso vale per Aleksa Stanovic, Jovan Ducic ed altri.
Ma, nonostante le polemiche, questi autori sono stati pubblicati in libri di testo utilizzati a Sarajevo mentre quelli stampati a Belgrado ed a Zagabria presentano esclusivamente i "loro" autori. Sembra però che con il tempo anche queste resistenze verranno superate.

Ancora non è stata superata invece la divisione tra scuole normali e scuole speciali, frequentate da scolari afflitti da ritardi mentali o handicap fisici. L’eliminazione delle scuole speciali e l’integrazione dei ragazzi in difficoltà in un unico sistema comune è ancora lontano. L’esistenza di scuole speciali è, per tutti i Paesi nati dall’ex-Jugoslavia, un’eredità legata al loro comune passato. Nell’ex-Jugoslavia esisteva ad esempio una Facoltà specializzata nella formazione degli insegnanti che avrebbero lavorato con ragazzi "particolari".

Stupisce comunque che questioni riguardanti la scuola vengano trattate molto poco dalla carta stampata in Bosnia-Erzegovina. L’opinione pubblica sembra essersi abituata e considerare normale il sistema tricefalo e contemporaneamente, nei confronti delle nuove indicazioni e regole imposte (come quasi sempre) da Wolfgang Petrisch mirate al raggiungimento di un sistema scolastico unitario, tutti tacciono.